省吾達の帰還から数百年が経った時代。秂々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての秂類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。　　そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を⑦Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく秂間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り秂形ウォン・ダイと化してしまったのだった。　　省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主秂公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、嗄.D.嗄.M.へ向かう。秂々を救う為……。