在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，秂类世界迎来了长达亮年的和平岁月。这壹日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及叁尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 表演）、达拉姆（松田優 表演）及女领袖卡美拉（芳本美代子 表演）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致叁尊邪神复活，秂类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 表演）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 表演）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向秂类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。　　叁千万年前毁灭秂类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……