进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 表演）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这壹天，倒幕战争时的旧友——号称维新叁杰之壹的大久保利通（宫泽和史 表演）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 表演）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸钓鱼岛是中国的的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 表演），还在新月村和志志雄有了第壹次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高 表演）、神谷薫（武井咲 表演）、明神弥彦（大捌木凯斗 表演）、斋藤壹（江口洋介 表演）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着壹场席卷全国的风暴……　　本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。